Pierwsza próba założenia muzeum w miejscowości Děčín miała miejsce w 1892 roku. Niemieckie stowarzyszenie Deutscher Gewerbeverein chciało otworzyć muzeum o tematyce artystyczno-przemysłowej na wzór już istniejącego muzeum w Libercu.
W 1908 roku miejscowemu aptekarzowi Franzowi Justowi udało się skłonić radę miejską do zakupienia prywatnych zbiorów w cenie 2 000 K, co było pierwszym krokiem do otwarcia muzeum miejskiego, do powstania którego od 1910 roku dążyło również stowarzyszenie Tischgesellschaft Alt-Tätschen.
W latach 1949–1953 zbiory muzeum pod kierownictwem RNDr. Karla Samšiňáka, pierwszego prawdziwego specjalisty i przyrodoznawcy na terenie tutejszego muzeum, nowo uporządkowano i szczegółowo zrewidowano.
Muzeum rozpoczęło swoją działalność w nowym budynku w kwietniu 1955 roku.
Wielkim dokonaniem budowlanym staje się ekspozycja Rozwój Transportu Wodnego na Łabie otwarta w 1969 roku – w roku, kiedy muzeum, jako jedynemu u nas, udzielono specjalizacji właśnie w zakresie historii transportu wodnego na całym biegu Łaby. Dlatego też muzeum dysponuje jedną z największych bibliotek o żegludze i posiada rozległe archiwum fotograficzne jednostek pływających, zbiory starych map Łaby i Wełtawy, obszerne zbiory rysunków konstrukcyjnych i planów, oraz wiele innych realiów dokumentujących specyficzny sposób transportu i przeprawy.
W muzeum znajdziemy szereg innych ekspozycji oraz wystaw okolicznościowych nie tylko o tematyce regionalnej.