Der erste Versuch, ein Museum in Děčín (Tetschen-Bodenbach) zu gründen, wurde 1892 vom Deutschen Gewerbeverein unternommen, dessen Ziel es war, ein Museum mit kunstgewerblicher Ausrichtung nach dem Vorbild des bereits bestehenden Museums in Liberec zu eröffnen.
1908 gelang es dem ortsansässigen Apotheker Franz Just, den Stadtrat zum Ankauf von Privatsammlungen für 2 000 K zu bewegen und damit einen entscheidenden Schritt zur Eröffnung des Stadtmuseums zu tun, dessen Geburtsstunde auch von der Tischgesellschaft Alt-Tätschen seit 1910 unterstützt wurde.
In den Jahren 1949-1953 wurden die Sammlungen des Museums unter der Leitung von RNDr. Karel Samšiňák, dem ersten wirklichen Experten und Naturforscher am hiesigen Museum, neu geordnet und gründlich überarbeitet.
Im April 1955 nahm das Museum seine Tätigkeit in einem neuen Gebäude auf.
Die 1969 eröffnete Ausstellung Entwicklung der Schifffahrt auf der Elbe – in dem Jahr, in dem das Museum als einziges in der Tschechischen Republik eine Spezialisierung auf die Geschichte der Elbschifffahrt erhielt – wurde zu einem großen Ausstellungsereignis. Deshalb verfügt das Museum auch über eine der größten Bibliotheken zum Thema Schifffahrt und besitzt darüber hinaus ein umfangreiches Fotoarchiv von Schiffen, eine Sammlung alter Wasserkarten von Elbe und Moldau, eine umfangreiche Sammlung von Konstruktionszeichnungen und -plänen und viele andere Realien, die diesen speziellen Transport- und Verkehrsträger dokumentieren.
Im Museum finden Sie eine Reihe weiterer Ausstellungen sowie laufende Ausstellungen nicht nur zu regionalen Themen.